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原子损失是中性原子量子处理器的主要误差来源，但其关联结构尚未被现有量子纠错解码器充分利用。本研究分析了配备基于量子隐形传态损失检测单元的surface code在中性原子量子处理器中的性能表现，该系统面临电路级、部分关联原子损失与退极化噪声的复合影响。我们提出并实现了一种利用损失关联特性的解码策略，将原子损失产生的“延迟”擦除信道有效转化为普通擦除信道。该解码器通过构建损失关联图并动态更新损失概率，形成高度可并行化且兼容实时操作的解决方案。相较于假设独立损失事件的解码器，我们的方法将逻辑错误概率降低达一个数量级，并将损失阈值从3.2%提升至4%。该方法可拓展至具有部分关联损失的实验相关场景，在非理想化完全关联条件下仍保持显著性能优势。