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中性原子量子计算（NAQC）具有动态量子比特可重构性、长相干时间和高门保真度等独特优势，使其成为可扩展量子计算的有力平台。尽管具备这些优势，但由于原子移动开销和连接性限制，高效实现量子傅里叶变换（QFT）等量子电路仍是重大挑战。本文针对线型和网格型架构，提出专为QFT电路和NAQC系统优化的编译策略，通过最小化原子移动实现理论移动下限，同时保持高电路保真度。与前沿编译器的对比评估表明，该工作提出的方法具有显著性能优势，可作为评估NAQC编译器性能的基准。