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巨原子是一种人工物质构型，其空间尺度与相互作用的电磁波波长相当，因此通常的电偶极近似不再成立。由此，电磁波可能产生某些准直接散射通道。鉴于著名的输入-输出方法仅适用于电偶极近似充分满足的通常点散射构型，本文发展了一种改进的输入-输出方法，通过引入一个额外的低品质因子腔通道，来处理巨原子的电磁散射问题。我们证明，与近期文献中广泛使用的多点耦合模型相比，该方法能够很好地解释普遍观测到的法诺型散射谱，并提取包括二能级巨原子的能量耗散参数及其与散射电磁波的耦合强度在内的物理参数。因此，我们认为，通过设计巨原子的法诺型散射，可以制造出各种高性能光学量子器件，尤其是基于巨原子的光学量子开关。